Die Gaben flossen überaus reichlich. Die neue Kirche sollte grösser, schöner und herrlicher werden als das alte romanisch-gotische Gotteshaus. Als Baumeister der neuen Kirche wurde der Jesuitenbruder Jakob Kurrer berufen. Am 1.September 1633 fand die Grundsteinlegung statt, und schon am 9.April 1638 konnten die Gottesdienste regelmässig in der neuen Kirche gefeiert werden.

Schon im Jahre 1634 hatten Regierung und Stift Ausschau nach einem guten Orgelbauer zu halten begonnen. Mit einer Antwort vom 1 0. April 1634 empfiehlt der Abt Franziskus von Weingarten einen Orgelfachmann Johann Kittel von Thüringen. Zwei Jahre später wandte man sich an den Orgelmacher Lechentacher.

Inzwischen waren bereits zwei kleinere Orgeln gebaut worden. Die südliche Chororgel hatte - so die Luzerner Ratsprotokolle (LXVI, 105) - 816 Pfeifen und die andere, gegen die Propstei (Norden), deren 537. Wer diese zwei Werke gebaut hat, ist nicht klar nachzuweisen. Das Protokoll vom 3. August 1639 spricht von den zwei Orgeln, die «gegen den Chor gestellt wurden». Etwa zu gleicher Zeit befand sich noch eine dritte, tragbare Orgel in «der Ecke hinter dem Gitter gestellt» (beim Kreuzaltar). Diese drei Orgeln wurden für die werktäglichen (Südorgel) und sonntäglichen (Nord) Gottesdienste verwendet. Die beiden Chororgeln, deren Fassaden die Bogen ob den Seitenaltären ausfüllten, waren eine «wesentliche Zierde der Kirche». (Franz Xaver Schwytzer von Buonas, Die Altäre und die grosse Orgel in der Stifts- und Pfarrkirche zu St. Leodegar in Luzern und ihre Renovation, 1862,'Heft 11, 3.) (Im 19.Jahrhundert wurden dann diese beiden Orgeln abgetragen. Die Südorgel wurde für 400 Franken nach Greppen verkauft. Auf der Nordseite baute in den Jahren 1842/43 Silvester Walpen ein neues Werk mit 25 Registern.) Für den Bau der grossen Orgel, an der Westwand des Mittelschiffes, liess man sich Zeit; die Orgelbaufrage wurde mit Bedacht an die Hand genommen. Zu einem Entschluss kam es erst am 26. Juli 1640, als ein «Verding» für den Bau einer grösseren Orgel mit Johann Geissler, Orgelmacher aus Salzburg, abgeschlossen werden konnte (B. Fleischlin / F. A. Herzog, Die Hofkirche zu Luzern, Luzern 1944, 97). Geissler verpflichtete sich, eine neue Orgel mit 48 Registern und 2826 Pfeifen zu bauen. Die Registerdisposition ist abgedruckt bei F. J. Breitenbach, Die grosse Orgel der Hofkirche in Luzern; Eine baugeschichtliche Skizze, Luzern 1920, 8.